1991年l2月6日，衛(wèi)生部發(fā)布經(jīng)國(guó)務(wù)院10月4日批準(zhǔn)的《中華人民共和國(guó)傳染病防治法實(shí)施辦法》。

    1992年，中國(guó)確立了建立社會(huì)主義市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)體制的改革目標(biāo)。市場(chǎng)和市場(chǎng)化一時(shí)之間成為最時(shí)興的名詞。幾乎在一夜之內(nèi)，方方面面、各行各業(yè)都要向市場(chǎng)化進(jìn)軍了。衛(wèi)生系統(tǒng)也不甘落后地加入了這個(gè)進(jìn)軍。

    1992年，深圳率先進(jìn)行了職工醫(yī)院制度改革，對(duì)當(dāng)?shù)卦诼毬毠ぁ㈦x退人員、外來(lái)臨時(shí)工分別建立綜合醫(yī)療保險(xiǎn)、特殊醫(yī)療保險(xiǎn)和住院醫(yī)療保險(xiǎn)。在主體模式——綜合醫(yī)療保險(xiǎn)中，實(shí)行企業(yè)和職工雙方繳費(fèi)、統(tǒng)籌基金支付70％，個(gè)人支付30％；屬住院的，由統(tǒng)籌基金支付90％，個(gè)人支付10％。這種模式奠定了醫(yī)療費(fèi)用由雙方負(fù)擔(dān)的基礎(chǔ)，為我國(guó)醫(yī)療制度改革開(kāi)了先河。

    1992年9月2日，衛(wèi)生部、財(cái)政部聯(lián)合下發(fā)《關(guān)于加強(qiáng)農(nóng)村衛(wèi)生工作若干意見(jiàn)的通知》。

    1992年9月，國(guó)務(wù)院下發(fā)《關(guān)于深化衛(wèi)生改革的幾點(diǎn)意見(jiàn)》。進(jìn)一步擴(kuò)大醫(yī)療衛(wèi)生單位的自主權(quán)，力圖使其真正擁有勞動(dòng)人事安排權(quán)、業(yè)務(wù)建設(shè)決策權(quán)、經(jīng)營(yíng)開(kāi)發(fā)管理權(quán)和工資獎(jiǎng)金分配權(quán)。要求醫(yī)院要在“以工助醫(yī)”、“以副補(bǔ)主”等方面取得新成績(jī)。在國(guó)有企業(yè)改革的示范作用下，一些地方的大型醫(yī)院還探索了股份制、職工持股、委托經(jīng)營(yíng)等公立醫(yī)院的組織變革。此后，點(diǎn)名手術(shù)、特殊護(hù)理、特殊病房等新事物，像雨后春筍般在醫(yī)療系統(tǒng)涌現(xiàn)。

    1993年5月,全國(guó)醫(yī)政工作會(huì)議上。時(shí)任衛(wèi)生部副部長(zhǎng)的殷大奎在報(bào)告中明確表示反對(duì)醫(yī)療服務(wù)市場(chǎng)化，要求多顧及醫(yī)療的大眾屬性和起碼的社會(huì)公平。這番表態(tài)隨即被認(rèn)為“思想保守，反對(duì)改革”。兩派觀(guān)點(diǎn)在會(huì)議上吵得不可開(kāi)交。

    1993年9月，衛(wèi)生部發(fā)出《關(guān)于加強(qiáng)醫(yī)療質(zhì)量管理的通知》，要求醫(yī)務(wù)人員提高醫(yī)療質(zhì)量意識(shí)，加強(qiáng)醫(yī)療質(zhì)量管理，為廣大人民群眾提供優(yōu)質(zhì)高教的醫(yī)療服務(wù)。

    1994年2月,國(guó)務(wù)院發(fā)布《醫(yī)療機(jī)構(gòu)管理?xiàng)l例》（國(guó)務(wù)院179號(hào)令），對(duì)醫(yī)療機(jī)構(gòu)的規(guī)劃布局和設(shè)置審批、登記、執(zhí)業(yè)、監(jiān)督管理以及相關(guān)法律責(zé)任進(jìn)行了規(guī)定，將醫(yī)療機(jī)構(gòu)執(zhí)業(yè)管理工作納入法制軌道。

    1995年1月16口，衛(wèi)生部發(fā)布首次“國(guó)家衛(wèi)生服務(wù)總調(diào)查”結(jié)果。調(diào)查表明，城鄉(xiāng)居民對(duì)醫(yī)療服務(wù)的需求量明顯增加；居民疾病模式呈現(xiàn)出“急病”下降、“慢病”上升的趨勢(shì)；醫(yī)院床位數(shù)、衛(wèi)技人員數(shù)增幅較大。

    1995年1月，國(guó)務(wù)院在江蘇鎮(zhèn)江、江西九江開(kāi)始職工醫(yī)療保險(xiǎn)“社會(huì)統(tǒng)籌和個(gè)人賬戶(hù)相結(jié)合”的試點(diǎn)，以求實(shí)現(xiàn)“人人享有初級(jí)生保健”的目標(biāo)。轟動(dòng)一時(shí)的“兩江模式” 開(kāi)辟了中國(guó)醫(yī)保改革的先河。

    1996年12月，我國(guó)召開(kāi)新中國(guó)成立以來(lái)的第一次全國(guó)衛(wèi)生工作大會(huì)，中央總書(shū)記江澤民、國(guó)務(wù)院總理李鵬到會(huì)作重要講話(huà)。會(huì)議強(qiáng)調(diào)堅(jiān)持把社會(huì)效益放在首位，防止片面追求經(jīng)濟(jì)利益而忽視社會(huì)效益的傾向；強(qiáng)調(diào)優(yōu)先發(fā)展和保證基本衛(wèi)生服務(wù)，體現(xiàn)社會(huì)公平；強(qiáng)調(diào)合理配置資源等等。

    1997年，中共中央、國(guó)務(wù)院頒布《關(guān)于衛(wèi)生改革與發(fā)展的決定》，明確我國(guó)衛(wèi)生事業(yè)的性質(zhì)是實(shí)行一定福利政策的社會(huì)公益事業(yè)。明確提出了衛(wèi)生工作的奮斗目標(biāo)和指導(dǎo)思想。提出了推進(jìn)衛(wèi)生改革的總要求，在醫(yī)療領(lǐng)域主要有改革城鎮(zhèn)職工醫(yī)療保險(xiǎn)制度、改革衛(wèi)生管理體制、積極發(fā)展社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)、改革衛(wèi)生機(jī)構(gòu)運(yùn)行機(jī)制等。這些指導(dǎo)思想成為這一輪改革的基調(diào)和依據(jù)。

    1998年12月，國(guó)務(wù)院召開(kāi)全國(guó)醫(yī)療保險(xiǎn)制度改革工作會(huì)議，發(fā)布了《國(guó)務(wù)院關(guān)于建立城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險(xiǎn)制度的決定》，明確了醫(yī)療保險(xiǎn)制度改革的目標(biāo)任務(wù)、基本原則和政策框架，要求1999年，在全國(guó)范圍內(nèi)建立覆蓋全體城鎮(zhèn)職工的基本醫(yī)療保險(xiǎn)制度。以這一文件的發(fā)布為標(biāo)志，我國(guó)城鎮(zhèn)職工醫(yī)療保險(xiǎn)制度的建立進(jìn)入了全面發(fā)展階段。

    1999年6月26日，《中華人民共和國(guó)執(zhí)業(yè)醫(yī)師法》正式頒布實(shí)施，這是我國(guó)制定的第一部有關(guān)醫(yī)師的大法。7月16日，衛(wèi)生部頒布《醫(yī)師資格考試暫行辦法》和《醫(yī)師執(zhí)業(yè)注冊(cè)暫行辦法》。

    1999年7月，衛(wèi)生部發(fā)部《第二次國(guó)家衛(wèi)生服務(wù)調(diào)查分析報(bào)告》。與1990年相比，1998年平均每個(gè)醫(yī)生全年負(fù)擔(dān)診療人次由1683下降到1178。全國(guó)醫(yī)院病床使用率由80％減少到60%。

    1999年，“市場(chǎng)化”的醫(yī)院改制在部分地區(qū)已經(jīng)付諸實(shí)施。遼寧海城拍賣(mài)了18所鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院和3所市直醫(yī)院，浙江蕭山出售了全部鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院，山東的臨沂、四川的通江、射洪也開(kāi)始拍賣(mài)衛(wèi)生院。

    2000年，全國(guó)衛(wèi)生廳局長(zhǎng)會(huì)議上正式提出，要把醫(yī)院分為營(yíng)利性醫(yī)院和非營(yíng)利性醫(yī)院，提出醫(yī)藥分家。

    2000年1月起，開(kāi)始實(shí)行《處方藥與非處方藥分類(lèi)管理辦法（試行）》。《辦法》規(guī)定消費(fèi)者有權(quán)自主選購(gòu)非處方藥，并按非處方藥標(biāo)簽和說(shuō)明書(shū)所示的內(nèi)容使用。

    2000年2月，國(guó)家陸續(xù)出臺(tái)了《關(guān)于城鎮(zhèn)醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的指導(dǎo)意見(jiàn)》及13項(xiàng)配套措施。包括：《關(guān)于城鎮(zhèn)醫(yī)療機(jī)構(gòu)分類(lèi)管理的實(shí)施意見(jiàn)》、《關(guān)于衛(wèi)生事業(yè)補(bǔ)助政策的意見(jiàn)》、《醫(yī)院藥品收支兩條線(xiàn)管理暫行辦法》、《關(guān)于醫(yī)療機(jī)構(gòu)有關(guān)稅收政策的通知》、《關(guān)于改革藥品價(jià)格管理的意見(jiàn)》、《關(guān)于改革醫(yī)療服務(wù)價(jià)格管理的意見(jiàn)》、《醫(yī)療機(jī)構(gòu)藥品集中招標(biāo)采購(gòu)試點(diǎn)工作若干規(guī)定》、《藥品招標(biāo)代理機(jī)構(gòu)資格認(rèn)定及監(jiān)督管理辦法》、《關(guān)于病人選擇醫(yī)生促進(jìn)醫(yī)療機(jī)構(gòu)內(nèi)部改革的意見(jiàn)》、《關(guān)于開(kāi)展區(qū)域衛(wèi)生規(guī)劃工作的指導(dǎo)意見(jiàn)》、《關(guān)于發(fā)展城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)的若干意見(jiàn)》、《關(guān)于衛(wèi)生監(jiān)督體制改革的意見(jiàn)》、《關(guān)于深化衛(wèi)生事業(yè)單位人事制度改革的實(shí)施意見(jiàn)》。鼓勵(lì)各類(lèi)醫(yī)療機(jī)構(gòu)合作、合并，共建醫(yī)療服務(wù)集團(tuán)、盈利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)，醫(yī)療服務(wù)價(jià)格放開(kāi)，依法自主經(jīng)營(yíng)，照章納稅等條目。這些措辭被解讀成為完全“市場(chǎng)化”的醫(yī)改開(kāi)綠燈。

    2000年3月，江蘇省宿遷市公開(kāi)拍賣(mài)衛(wèi)生院，拉開(kāi)了醫(yī)院產(chǎn)權(quán)改革的序幕，共有一百多家公立醫(yī)院被拍賣(mài)，實(shí)現(xiàn)了政府資本的退出，拉開(kāi)了以“社會(huì)辦衛(wèi)生——衛(wèi)生產(chǎn)業(yè)化——產(chǎn)業(yè)民營(yíng)化——民營(yíng)規(guī)范化”為改革思路的醫(yī)改序幕。

    2000年7月27日，中共中央政治局常委、國(guó)務(wù)院副總理李嵐清在國(guó)務(wù)院辦公廳召開(kāi)的全國(guó)城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險(xiǎn)制度和醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革會(huì)議上強(qiáng)調(diào)，要充分認(rèn)識(shí)建立城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險(xiǎn)制度和醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的重大意義和緊迫性，同步推進(jìn)城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險(xiǎn)制度、醫(yī)療機(jī)構(gòu)和藥品生產(chǎn)流通體制三項(xiàng)改革。

2000年12月，衛(wèi)生部印發(fā)《城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)機(jī)構(gòu)設(shè)置原則》、《城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)中心設(shè)置指導(dǎo)標(biāo)準(zhǔn)》、《城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)設(shè)置指導(dǎo)標(biāo)準(zhǔn)》。

    2000年2月2日，財(cái)政部、國(guó)家計(jì)委、衛(wèi)生部聯(lián)合下發(fā)《關(guān)于衛(wèi)生事業(yè)補(bǔ)助政策的意見(jiàn)》，首次提出允許衛(wèi)生機(jī)構(gòu)對(duì)“技術(shù)含量較高．資金回收能力較強(qiáng)”的項(xiàng)目，實(shí)行銀行貸款、財(cái)政貼息等辦法。

    2001年4月13日，衛(wèi)生部印發(fā)《關(guān)于衛(wèi)書(shū)監(jiān)督體制改革實(shí)施的若干意見(jiàn)》和《關(guān)于疾病預(yù)防控制體制改革的指導(dǎo)意見(jiàn)》。

    2001年7月，國(guó)務(wù)院在青島召開(kāi)“三項(xiàng)改革”會(huì)議，提出：醫(yī)療機(jī)構(gòu)應(yīng)該具有獨(dú)立法人，原主辦單位應(yīng)以出資人身份與之建立規(guī)范的產(chǎn)權(quán)關(guān)系；醫(yī)療機(jī)構(gòu)作為獨(dú)立事業(yè)法人，必須建立和完善法人治理結(jié)構(gòu)。

    2001年11月衛(wèi)生部印發(fā)《城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)基本工作內(nèi)容（試行）》，同年12月印發(fā)《關(guān)于城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)發(fā)展目標(biāo)的意見(jiàn)》。

    2001年，根據(jù)世界衛(wèi)生組織公布的《2000年世界衛(wèi)生報(bào)告》，所列的191個(gè)成員國(guó)名單中，在衛(wèi)生費(fèi)用負(fù)擔(dān)公平性方面中國(guó)排在倒數(shù)第4位；在全球衛(wèi)生系統(tǒng)的總體績(jī)效評(píng)估上中國(guó)排在在第144位，被列為全球衛(wèi)生系統(tǒng)“財(cái)務(wù)負(fù)擔(dān)”最不公平的國(guó)家之一。

    2001年11月，全國(guó)藥品集中招標(biāo)采購(gòu)會(huì)議決定在全國(guó)普遍推行藥品集中招標(biāo)采購(gòu)制度。同年12月，召開(kāi)了首屆藥品集中招標(biāo)采購(gòu)專(zhuān)題研討會(huì)。

    2002年，中共中央、國(guó)務(wù)院頒布《關(guān)于進(jìn)一步加強(qiáng)農(nóng)村衛(wèi)生工作的決定》，要求“到2010年，在全國(guó)農(nóng)村基本建立起適應(yīng)社會(huì)主義市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)體制要求和農(nóng)村經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展水平的農(nóng)村衛(wèi)生服務(wù)體系和農(nóng)村合作醫(yī)療制度”。

    2002年4月，國(guó)家計(jì)委，衛(wèi)生部等九部委聯(lián)合下發(fā)《關(guān)于完善"三項(xiàng)改革"試點(diǎn)工作的指導(dǎo)意見(jiàn)》，選定青島、西寧、柳州作為城鎮(zhèn)職工醫(yī)療像險(xiǎn)、醫(yī)療衛(wèi)生和藥品生產(chǎn)流通體制3項(xiàng)政革試點(diǎn)的城市，以此推進(jìn)醫(yī)藥分家的政試點(diǎn)。

    2002年4月,國(guó)務(wù)院公布《醫(yī)療事故處理?xiàng)l例》，明確規(guī)定“醫(yī)療事故是指醫(yī)療機(jī)構(gòu)及其醫(yī)務(wù)人員在醫(yī)療活動(dòng)中違反醫(yī)療衛(wèi)生管理法律、行政法規(guī)、部門(mén)規(guī)定和診療護(hù)理規(guī)范、常規(guī)，過(guò)失造成患者人身?yè)p害的事故”。

    2003年，SARS疫情蔓延我國(guó)24個(gè)省、自治區(qū)、直轄市，報(bào)告發(fā)生SARS病人5327例（其中廣東1512例），治愈出院4959例，死亡349例，病死率6.55%。另有19例死于其它疾病。中國(guó)開(kāi)始反思公共衛(wèi)生體系的漏洞，進(jìn)而開(kāi)始檢討整個(gè)衛(wèi)生事業(yè)。

    2003年1月16日，國(guó)務(wù)院辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)了衛(wèi)生部、財(cái)政部和農(nóng)業(yè)部的《關(guān)于建立新型農(nóng)村合作醫(yī)療制度的意見(jiàn)》，要求“從2003年起，各省、自治區(qū)、直轄市至少要選擇2~3個(gè)縣（市）先行試點(diǎn)，取得經(jīng)驗(yàn)后逐步推開(kāi)。到2010年，實(shí)現(xiàn)在全國(guó)建立基本覆蓋農(nóng)村居民的新型農(nóng)村合作醫(yī)療制度的目標(biāo)，減輕農(nóng)民因疾病帶來(lái)的經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)，提高農(nóng)民健康水平?！薄靶滦娃r(nóng)村合作醫(yī)療制度一般采取以縣（市）為單位進(jìn)行統(tǒng)籌”?！靶滦娃r(nóng)村合作醫(yī)療制度實(shí)行個(gè)人繳費(fèi)、集體扶持和政府資助相結(jié)合的籌資機(jī)制。農(nóng)民個(gè)人每年的繳費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)不應(yīng)低于10元.

    2003年,第三次國(guó)家衛(wèi)生服務(wù)調(diào)查。調(diào)查結(jié)果顯示，我國(guó)衛(wèi)生總費(fèi)用從1980年的143．2億元急速上漲到2003年的6623.3億元。政府投入僅占了17％，企業(yè)和社會(huì)單位占到了27％，而其余的56％卻都是由居民個(gè)人支付的。居民平均每次門(mén)診費(fèi)用和住院費(fèi)用從1998年到2003年分別上漲了57.5％和76.1％，都遠(yuǎn)遠(yuǎn)快于居民收入的增長(zhǎng)速度。對(duì)于醫(yī)療保險(xiǎn)所覆蓋的人群，在城鎮(zhèn)地區(qū)大約有1億人左右，農(nóng)村只有全部人口的10％左右。48.9％的居民生病不去醫(yī)院，29.6％的患者本該住院的卻住不起。

    2005年1月，在全國(guó)衛(wèi)生工作會(huì)議上吳儀做出批示：解決群眾看病難，看病貴的問(wèn)題需要標(biāo)本兼治，綜合治理。3月，國(guó)務(wù)院總理溫家寶也在十屆全國(guó)人大三次會(huì)議上提出了要切實(shí)解決群眾看病難，看病貴的問(wèn)題。隨著這一問(wèn)題的逐漸凸現(xiàn)，衛(wèi)生部開(kāi)始嘗試制定《關(guān)于深化城市醫(yī)療體制改革試點(diǎn)指導(dǎo)意見(jiàn)》。

    2005年的7月，國(guó)務(wù)院發(fā)展研究中心研究員葛延風(fēng)主持的研究報(bào)告《對(duì)中國(guó)醫(yī)療衛(wèi)生體制改革的評(píng)價(jià)與建議》一文，明確提出了“目前中國(guó)的醫(yī)療衛(wèi)生體制改革基本上是不成功的”的結(jié)論，這份報(bào)告一石激起千層浪，迅速引發(fā)了一場(chǎng)關(guān)于“醫(yī)改是否成功”的全民辯論。

    2005年9月，聯(lián)合國(guó)開(kāi)發(fā)計(jì)劃署駐華代表處發(fā)布《2005年人類(lèi)發(fā)展報(bào)告》，指出中國(guó)醫(yī)療體制并沒(méi)有幫助到最應(yīng)得到幫助的群體，特別是農(nóng)民，所以結(jié)論是醫(yī)改并不成功。

    2005年,衛(wèi)生部副部長(zhǎng)馬曉華發(fā)表講話(huà)，嚴(yán)厲批評(píng)了當(dāng)前公立醫(yī)療機(jī)構(gòu)公益性淡化、過(guò)分追求經(jīng)濟(jì)利益的傾向，并且著重強(qiáng)調(diào)，“應(yīng)當(dāng)堅(jiān)持政府主導(dǎo)，引入市場(chǎng)機(jī)制。產(chǎn)權(quán)制度改革，不是醫(yī)療制度改革的主要途徑，我們決不主張民進(jìn)國(guó)退。”公眾開(kāi)始紛紛猜測(cè)，國(guó)務(wù)院關(guān)于醫(yī)改的政策、方向是否要作大的調(diào)整？新一輪的關(guān)于醫(yī)改的論戰(zhàn)，隨即暗流涌動(dòng).

    2005年,被確定為醫(yī)院管理年。11月,衛(wèi)生部發(fā)布了《醫(yī)院管理評(píng)價(jià)指南》，細(xì)化了醫(yī)院的評(píng)價(jià)指標(biāo)。

    2005年2月28日,上海國(guó)泰醫(yī)院投資管理有限公司宣布,將其下屬的上海曲陽(yáng)醫(yī)院整體委托給上海復(fù)旦醫(yī)院管理有限公司管理.國(guó)資管理公司托管民營(yíng)醫(yī)院,這一新型醫(yī)療體制改革模式率先在上海誕生.

    2005年6月28日,審計(jì)署審計(jì)長(zhǎng)李金華向全國(guó)人大常委會(huì)報(bào)告2004年度中央預(yù)算執(zhí)行和其他財(cái)政收支的審計(jì)情況.2003年至2004年8月，衛(wèi)生部和北京市所屬10家醫(yī)院違規(guī)向患者多收費(fèi)1127萬(wàn)元，其中醫(yī)療檢查多收費(fèi)825萬(wàn)元，藥品多收費(fèi)302萬(wàn)元。2001年以來(lái)，衛(wèi)生部和北京市所屬10家醫(yī)院收取藥品和醫(yī)療器械廠(chǎng)商等支付的各類(lèi)折扣、回扣等約3億元。

    2006年,國(guó)家啟動(dòng)《農(nóng)村衛(wèi)生服務(wù)體系建設(shè)與發(fā)展規(guī)劃》，改善農(nóng)村縣鄉(xiāng)村三級(jí)醫(yī)療衛(wèi)生服務(wù)條件。

    2006年的十六屆六中全會(huì)通過(guò)的《中共中央關(guān)于構(gòu)建社會(huì)主義和諧社會(huì)若干重大問(wèn)題的決定》進(jìn)一步明確提出“建設(shè)覆蓋城鄉(xiāng)居民的基本衛(wèi)生保健制度”的目標(biāo)。

    2006年2月，國(guó)務(wù)院印發(fā)了《關(guān)于發(fā)展城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)的指導(dǎo)意見(jiàn)》。這也標(biāo)志著，發(fā)展社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)由部門(mén)主導(dǎo)逐步向政府主導(dǎo)轉(zhuǎn)變。截至2007年底，全國(guó)所有地級(jí)以上城市都已開(kāi)展了社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)。全國(guó)社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)中心(站)達(dá)2.4萬(wàn)個(gè)，從事社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)的衛(wèi)生技術(shù)人員總數(shù)達(dá)26萬(wàn)人。

    2006年6月國(guó)務(wù)院成立深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革部際協(xié)調(diào)工作小組，研究深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的重大問(wèn)題，提出改革意見(jiàn)。

    2006年9月，由發(fā)改委、衛(wèi)生部牽頭、11家國(guó)家部委(后增添到16部委)組成的多部委醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革協(xié)調(diào)小組成立，醫(yī)改協(xié)調(diào)小組成立后，隨即組成醫(yī)院體制改革、醫(yī)保體制、藥品流通體制和衛(wèi)生投入機(jī)制4個(gè)專(zhuān)題小組，分赴20多個(gè)省市專(zhuān)題調(diào)研。

    2006年9月至2007年1月，醫(yī)改方案4大核心部委發(fā)改委、衛(wèi)生部、社保部、財(cái)政部在多部委醫(yī)改協(xié)調(diào)小組內(nèi)部就新醫(yī)改方案的制定展開(kāi)了激烈的內(nèi)部論戰(zhàn)，尤其是衛(wèi)生部和社保部之間最為激烈。

    2007年1月，中央決定，將醫(yī)改方案起草權(quán)暫時(shí)從4大核心部委手中剝離。醫(yī)改方案起草進(jìn)入第二階段，醫(yī)改協(xié)調(diào)小組委托6家國(guó)內(nèi)外機(jī)構(gòu)進(jìn)行新醫(yī)改方案各自起草設(shè)計(jì)。這六家機(jī)構(gòu)分別是北京大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)、國(guó)務(wù)院發(fā)展研究中心、世界衛(wèi)生組織、麥肯錫和世界銀行。2007年的5月，北京師范大學(xué)、中國(guó)人民大學(xué)又加入新醫(yī)改方案的設(shè)計(jì)隊(duì)伍中。2007年6月，清華大學(xué)成為“第九套方案”的遞交者。

    2007年6月，多套醫(yī)改方案“過(guò)堂”之后，新醫(yī)改方案起草進(jìn)入第三階段。在這之后，醫(yī)改核心部委開(kāi)始減少對(duì)其他部委的關(guān)注和批評(píng)，轉(zhuǎn)而通過(guò)己身負(fù)責(zé)的項(xiàng)目“擴(kuò)大地盤(pán)”。

    2007年7月23日，國(guó)務(wù)院發(fā)布《關(guān)于開(kāi)展城鎮(zhèn)居民基本醫(yī)療保險(xiǎn)試點(diǎn)的指導(dǎo)意見(jiàn)》，啟動(dòng)了城鎮(zhèn)居民基本醫(yī)療保險(xiǎn)試點(diǎn),要求2010年覆蓋全國(guó)。

    2007年中國(guó)社科院對(duì)外發(fā)布的社會(huì)藍(lán)皮書(shū)《2007年：中國(guó)社會(huì)形勢(shì)分析與預(yù)測(cè)》指出，調(diào)查顯示，根據(jù)城鄉(xiāng)居民的看法，目前“看病難、看病貴”已經(jīng)排在“就業(yè)失業(yè)問(wèn)題”和“收入差距過(guò)大、貧富分化”之前，高居三大最突出社會(huì)問(wèn)題之首。

    2007年10月，中共十七大報(bào)告首次完整提出中國(guó)特色衛(wèi)生醫(yī)療體制的制度框架包括公共衛(wèi)生服務(wù)體系，醫(yī)療服務(wù)體系，醫(yī)療保障體系，藥品供應(yīng)保障體系四個(gè)重要組成部分，這是在新時(shí)期對(duì)衛(wèi)生醫(yī)療體系構(gòu)成的全面概括。

    2007年10月，國(guó)家發(fā)改委和衛(wèi)生部分別召開(kāi)了南北兩大片區(qū)的“醫(yī)改座談會(huì)”。在這次會(huì)議上，討論了醫(yī)改方案征求意見(jiàn)稿。在這個(gè)版本的方案中，提出了一個(gè)詳細(xì)的試點(diǎn)計(jì)劃，考慮2008年在公立醫(yī)院運(yùn)行機(jī)制改革、完善政府投入機(jī)制、管辦分開(kāi)、醫(yī)藥分開(kāi)等領(lǐng)域進(jìn)行專(zhuān)題試點(diǎn).

    2008年4月，國(guó)務(wù)院總理溫家寶兩度召開(kāi)座談會(huì)就醫(yī)改方案征求意見(jiàn)，此后方案再度修改。8月29日,衛(wèi)生部黨組書(shū)記高強(qiáng)透露，圍繞公立醫(yī)院改革，將通過(guò)試點(diǎn)，用3年時(shí)間拿出改革思路和政策措施。

    2008年10月，醫(yī)改協(xié)調(diào)小組發(fā)布了《關(guān)于深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的意見(jiàn)（征求意見(jiàn)稿）》，公開(kāi)向社會(huì)征求意見(jiàn)。明確了“建立覆蓋城鄉(xiāng)居民的基本醫(yī)療衛(wèi)生制度，為群眾提供安全、有效、方便、價(jià)廉的醫(yī)療衛(wèi)生服務(wù)。到2020年，覆蓋城鄉(xiāng)居民的基本醫(yī)療衛(wèi)生制度基本建立?！钡男箩t(yī)改總體目標(biāo)。